據歷史記載，揚州仙鶴寺與廣州懷圣寺、泉州清凈寺、杭州鳳凰寺齊名，同為我國伊斯蘭教著名的四大清真寺。其中杭州鳳凰寺狀如鳳凰，可惜屢廢屢修，已看不出鳳凰的形貌。
    門廳即為鶴首：水磨磚砌，重檐飛椽，斗拱如蜘蛛結網，復雜奇巧，屋脊兩端各有一只黃銅麒麟，凝視著佇立于當中的一只仙鶴。向北的甬道，曲折蜿蜒，高低有致，這就是鶴頸。寺內的主建筑禮拜殿，高大巍峨，它由兩部分組成，前部為單檐硬山頂，后部為重檐歇山頂，二頂勾連搭成。前部的朱紅橫匾上刻著金色的阿拉伯文——太斯米（大慈大悲），后殿正中窯門的橫匾上刻著一百個圓圈，每個圓圈內都刻著描金的阿拉伯文，這就是有名的“百字贊”——稱贊真主的盛德。在下是窯門，傳說由窯門可直通西方極樂世界，窯門四周是四排文字，皆是描金的阿拉伯文，這是《古蘭經》中的精華，盡管內容都是“世上除了安拉再別無一主”，“天與地的寶座由真主掌握”，但書法味極濃。窯門和百字贊的橫匾布滿一壁，紅底上鐫刻金字，刀法嚴整有序，布局疏密和諧，極富書法意味。裝飾在大殿之中，頓使四壁生輝。當虔誠的穆斯林匍匐在宣諭臺前口誦著：“萬物非主，唯有真主，穆罕默德，是主欽差”的經文，你定會感到這聲音是那樣的悅耳，那樣的和諧，那聲音在大殿中回蕩，余音繞梁不絕。
    《嘉靖維揚志》和《江都縣志》都曾記述：“清真寺在南門大街，宋西域普哈丁建。”他是伊斯蘭教創始人穆罕默德的第十六世裔孫，宋朝時從本國（古稱大食國），來到中國，學習中國的古老文化藝術，傳播伊斯蘭教。從當時都城洛陽出發，途徑武昌沿長江到宋時阿拉伯人聚集較多的城市揚州傳教。武昌停留期間，他對黃鶴樓的古老建筑風格極感興趣，更對李白的“故人西辭黃鶴樓，煙花三月下揚州”的詩句贊嘆不已，不由激起他對仙鶴的遐想，認為如果百年之后，進入天堂，與真主同在固然不錯，假如死后，或到麥加圣地能乘黃鶴而走，不是更佳嗎？就這樣，他帶著這一想法來到揚州，在構寺時既符合伊斯蘭教寺院的要求，又突破阿拉伯圓形穹頂尖拱門等建筑特點，大膽地采用中國大屋頂殿宇的建筑形式，成為中阿人民友好的象征。
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